淋病除了在生殖器感染可以见到外，也可以在其他部位如新生儿的角膜、咽喉、肛门等会有发生淋病的。
新生儿的角膜被感染淋病，称为淋病性结膜炎。新生儿多出生后2-3天出现症状，多为双侧，眼睑红肿，有脓性分泌物，成人多为自我接种，常为单侧，体现同新生儿。由于有脓液外溢、欲称“脓漏眼”一旦延误治疗，则角膜呈蒸汽状，角膜穿孔。导致失明。
咽喉被感染后，称淋菌性咽炎，主要见于口交者，所谓“口淫”西方同性恋或异性恋者多见，体现为急性咽炎或急性扁桃体炎，偶伴发热和颈淋巴结肿大。有咽干不适，咽痛，吞咽痛等症状。
在男性同性恋中，会比较常见淋菌性肛门直肠炎。而妇女多是由阴道自身感染所致。主要体现有里急后重，有脓血便，肛管粘膜充血，脓性分泌物，淋球菌培养阳性。
